“Salvaje: En la Cueva Ancestral. Sólo uno al nivel 45. Si lo debilitas y no lo capturas, volverá a aparecer de nuevo en el mismo lugar tras pasarte la Liga Pokémon.”

A lo mejor pasa lo mismo si te debilita. De todas formas, entrena a tus Pokémon y pilla muchas Ultra Balls porque la Master Ball te hará mucha más falta para Deoxys que para Kyogre. Yo con Kyogre le tiré muchas Ultra Balls y le debilité sin querer, pero como había guardado la partida lo que hice fue reiniciar, que es lo que hay que hacer si no quieres cagarla, además de que es algo que hacemos todos los veteranos porque en ediciones anteriores si no lo capturabas no volvía a salir más. Y bueno, después del reseteo, le tiré menos de diez y ya lo capturé. Pero con Deoxys le tiré muchíiiiiisimas y sólo se movía la Ultra Ball (o la que fuese) el 10% de las veces, así que me cansé y le tiré la Master Ball porque llevaba ya media hora y me estaba debilitando a mis Pokémon.

Ni caso al de arriba que parece que no lee, en los últimos sí que salen. Lo que te cité antes está sacado de la Wikipedia esta de Pokémon.
Además, creo que en los anteriores cuando te debilitaban podías volver. Lo que no podías hacer es cargártelo (porque te lo habías cargado, obvio).

el problema es que me debilitaron y no aparece