Re:¿Os ha pasado esto en la 3DS?

¿La tienes tienes actualizada? Si no es así, actualízala. Si no se te soluciona o la tienes actualizada, ¿tienes garantía? Llévala a que la arreglen/envíen. Si no tienes garantía pues ponte en contacto con el SAT de Nintendo, no se lo que te cobrarán la verdad pero puede que te salga mejor comprártela con algún pack….

Yo no he tenido ningún problema nunca con nada, ni pillada ni algo que no funcione ni nada, todo perfecto.

Siento no poder decirte otra cosa …
Un saludo.

EDITO:
No se si se puede formatear la consola y dejarla de fábrica desde las opciones, creo que no no?? De todas formas creo que los programas que mencionas utilizan la tarjeta SD, prueba con otra tarjeta SD limpia y si ves que con esa nueva te funciona, ya sabes que el problema es de la SD.

Suerte.