He encontrado información al respecto. En una entrevista Nintendo confirma que actualmente Switch no es compatible con ningún controlador de otras plataformas, pero están considerando que Switch sea compatible con «ciertos controladores» en una futura actualización:
http://kotaku.com/nintendo-answers-and-avoids-our-switch-questions-1791402953
No sabemos a qué controladores se refieren, puede que solo sea el de Gamecube para Smash, pero por el momento guardaré mi Wii U Pro Controller y mi Wii Remote Plus + Nunchuck, y solo venderé la Wii U con el Gamepad y los juegos.