Te responderé de acuerdo a mis conocimientos, si alguien ve que estoy mal por favor corregidme:

La cuenta NNID Es la cuenta base de tu consola, es lo que te vincula a los servicios Online de Nintendo,algo así como tu Gamertag permanente, es algo importante ya que es tu cuenta personal.
La cuenta Nintendo es el “Sucesor” De la cuenta Club Nintendo, sirve para tener beneficios como descuentos y juegos de la virtual console canjeandolos por monedas que ganas comprando juego en la Eshop y entrando a Miiverse en Wii U, no es importante a menos que quieras “Toda la experiencia”

Respecto a tu caso, asumo que si compras la consola usada, vendrá ya “Iniciada” Eso quiere decir que entrara directamente al menú de Wii U o en su caso, a la cuenta del antiguo propietario, es muy importante que, si la compras usada, le indiques al antiguo usuario que deje la consola con la seguridad “Abierta” (Es decir, que cuando la inicies no te pida la contraseña del antiguo usuario, o en su defecto, que te la de)

A partir de que ya la tienes, solo es cosa de crearte otra cuenta (Puedes crear varias) En la configuración de la consola, si mal no recuerdo, al crear una nueva cuenta te pedirá la contraseña inicial del perfil principal (Por eso, asegúrate de tener la contraseña de este usuario) Tendrás que crearte una cuenta obviamente, con nombre de usuario y contraseña, el nombre de usuario es único por lo que, por ejemplo, Si Quieres “HyperMario111” No estará disponible.

Si ya creaste la cuenta, tendrás acceso a todo lo descargado en el Wii U, sin importar en que cuenta estés, de eso no te preocupes, eso si, me parece que no tendrás acceso a sus partidas guardadas, sera como empezar de cero, así mismo, el anterior sujeto no podrá hacer ni deshacer nada en tu Wii U, afortunada o desafortunadamente, las cuentas NNID No están unificadas a una “Nube Online” Como sucede con Xbox por ejemplo, aquí están conectadas únicamente a la consola, si el usuario no tiene acceso a la consola directamente, no podría hacer ningún movimiento en la Wii U (Sabiendo esto, ten en cuenta que la cuenta que crees estará únicamente en esa consola, no podrás transferirla, usarla o manejara en otro Wii U u otro dispositivo, toma tus precauciones)

A partir de ahí, puedes dejar las cosas como están (Dejando la cuenta principal abandonada y tu metiéndote en la tuya sin problemas) O bien, me parece que puedes hacer que la cuenta creada tuya se vuelva la “Principal” De la consola, dejando así de lado la anterior, pudiendo eliminarla si lo deseas, aunque no pasara nada con intentarlo, no estoy muy seguro de este punto, ojala alguien te lo pueda confirmar o desmentir.

Podrás comprar lo que quieras (En la Eshop claro) Sin problema alguno, como dije, los juegos que descargues están vinculados a la consola, no a la cuenta, así que sin importar en que cuenta los compres, estarán ahí al alcance de todos los usuarios de esa consola, incluyendo los juegos ya descargados.

La cuenta Nintendo y el NNID son diferentes, si ya tienes una cuenta Nintendo, solo tienes que vincularla con tu NNID para recibir sus recompensas en esa cuenta, si no tienes cuenta Nintendo, puedes hacer una online, inclusive la puedes crear a partir de tu NNID, para no hacerte bolas con los conceptos.

Espero haberte ayudado, a ver si alguien mas de por acá me confirma mi información, suerte!

Saludos.