Por eso siempre se recomienda no dejar las consolas enchufadas después de apagarlas ya que aun así internamente siguen trabajando algunos componentes, o pueden sufrir alguna subida de tensión que dañe las consolas.
Lamentablemente si no es el cargador no tengo ni la mas mínima idea de que puede ser el problema, solo te queda esperar respuesta de Nintendo o llevarla a un servicio técnico competente.
Saludos !!